La presencia del Colegio Filipense en Baeza comenzó en la década de 1940, tras un ofrecimiento de Teresa Acuña, una vecina de Baeza, a las religiosas filipenses para abrir un colegio en la localidad. Aunque inicialmente se ofreció una casa, esta no cumplía con los requisitos necesarios, lo que llevó a las religiosas a buscar otra ubicación. Finalmente, se optó por una espaciosa vivienda frente al antiguo seminario, propiedad de la familia Moreno, cuya situación económica les obligó a venderla. La Madre General Mercedes Baguer y la M. Rosa Mª Jansana dieron el impulso definitivo en 1944. Ese mismo año, en julio, llegaron las primeras religiosas y comenzaron las reparaciones necesarias del edificio con el apoyo del obispo de Jaén y otras figuras locales.
Las primeras religiosas en Baeza incluyeron a las M.M. Eugenia Cascón, Lourdes de la Campa, Amelia Vega, Mª Mercedes Matienzo, y la Hna. Mª Jesús. Poco después, se incorporaron las M.M. Pureza Delsams y Mª Esther González. Estas religiosas trabajaron estrechamente con las parroquias, el seminario, el obispado y el ayuntamiento en actividades como catequesis y atención social. Además, muchas alumnas de las primeras generaciones se unieron a la Congregación, destacando nombres como M. Inés Ratia, M. Lidia Fernández, y M. Magdalena Mola. El colegio comenzó a funcionar como un internado femenino, ofreciendo educación primaria, secundaria, y preparación para reválidas y bachillerato en un contexto donde las niñas tenían dificultades para acceder a estudios avanzados.
Durante este periodo, el Colegio Filipense expandió sus actividades apostólicas y educativas. El internado fue un pilar fundamental, y las religiosas complementaron la educación con ejercicios espirituales y visitas a hogares desfavorecidos, proporcionando alimentos y ropa. También organizaron eventos para recaudar fondos destinados a familias necesitadas. Gracias al esfuerzo conjunto de las religiosas, profesores, y familias, el colegio logró adaptarse a los cambios sociales y educativos, sentando las bases para convertirse en una institución de referencia en la región.
El colegio comenzó a adaptarse a los nuevos tiempos, integrando avances pedagógicos y abriendo sus puertas a nuevos niveles de enseñanza. Se transformó en un centro privado, aunque muchas familias con dificultades económicas continuaron recibiendo apoyo. Las religiosas empezaron a colaborar más estrechamente con asociaciones de padres, lo que fomentó una mayor implicación comunitaria y el fortalecimiento del ideario católico del centro.
Hoy en día, el Colegio Filipense de Baeza es un centro educativo católico dirigido por la Congregación Filipense. Reconocido oficialmente, ofrece Educación Infantil y Primaria, financiado parcialmente mediante conciertos educativos públicos. Su propuesta educativa sigue los principios comunes de las Escuelas Filipenses, destacando el compromiso con los valores cristianos y la formación integral del alumnado. Pertenecer al Colegio implica aceptar su ideario, el carácter propio del centro y sus normas, que buscan formar personas comprometidas con la sociedad desde una perspectiva de fe y servicio.